La congelación de semen se realiza en aquellos pacientes con dificultades en la obtención de la muestra el día de la punción, o por ausencia de la persona ese mismo día. También, en pacientes que deban someterse a un tratamiento de quimioterapia o radioterapia; en cuyo caso, la congelación debe realizarse previamente a su inicio ya que con estas terapias se dañan seriamente los gametos masculinos.